Когда вы прикладываете карту или телефон к валидатору, деньги списываются не сразу, информация уходит в центр обработки, и уже он запрашивает у Вашего банка сумму для оплаты.
Если ваш банк отказал в оплате - нет денег или техническая ошибка, то система поставит Вашу карту в стоп-лист, до тех пор пока необходимая сумма не спишется с карты.
У системы нет данных, о пополнении карт, она просто по расписанию пытается списать долг.
Вы пытаетесь проехать снова по карте (а она в стоп-листе), то валидатор издал звук, и чек не вышел. В этот момент никаких списаний не происходит. Система понимает, что можно попробовать ещё раз списать старый долг. А Вы, тем временем, оплачиваете поездку с другой карты или наличными.
... И происходит списание с первой карты.
Просто Вы оплатили и текущую и прошлую поездку.